Ako sú kontigy zostavené do lešení?

2024 Autor: Miles Stephen | [email protected]. Naposledy zmenené: 2023-12-15 23:40

Pri vytváraní návrhu genómu sú na prvom mieste jednotlivé čítania DNA zostavené do kontigov , ktoré z povahy ich zhromaždenie , majú medzi sebou medzery. Ďalším krokom je do potom premostite medzery medzi nimi prilieha k Vytvor lešenie . To sa dá urobiť buď pomocou optického mapovania alebo sekvenovania párových párov.

Podobne sa môžete opýtať, čo sú kontigy a lešenia?

A lešenie je časť genómovej sekvencie rekonštruovanej z end-sekvenovaných celogenómových brokovnicových klonov. Lešenie sú zložené z kontigy a medzery. A kontig je súvislá dĺžka genómovej sekvencie, v ktorej je poradie báz známe s vysokou úrovňou spoľahlivosti. V niektorých prípadoch, lešenia sa môžu prekrývať.

Tiež, čo sú kontigy v bioinformatike? A kontig (zo súvislého) je súbor prekrývajúcich sa segmentov DNA, ktoré spolu predstavujú konsenzuálnu oblasť DNA. Contigs môže teda odkazovať ako na prekrývajúcu sa sekvenciu DNA, tak aj na prekrývajúce sa fyzické segmenty (fragmenty) obsiahnuté v klonoch v závislosti od kontextu.

Ako sa v tomto ohľade zostavujú kontigy?

Súbor prekrývajúcich sa sekvencií DNA fragmentov DNA je známy ako a kontig . Contig mapovanie je proces, pri ktorom sa klony prekrývajú zostavené zoradiť, ktoré sa prekrývajú. To zahŕňa usporiadanie kontigy v poriadku a orientácii. Klonovať kontigy môže byť automaticky zostavené pomocou ich BAC-end sekvencií.

Prečo sú kontigy dôležité?

Contig montáž je an dôležité krok v zostavovaní genómu. Na mapovanie sú prekrývajúce sa klony zostavené do sekvencie, ktorá sa prekrýva. Každý fragment je klonovaný vo vektore a sekvenovaný z oboch koncov, aby sa vytvorila dĺžka sekvencie približne 600–700 bp. Sekvencia z oboch koncov DNA fragmentu sa nazýva párový koniec.